I det här spelet skriver Kitty / Nancy Drew in sig på den prestigefyllda flickskolan Waverly Academy. Hon har nämligen fått i uppgift att avslöja vem som skickar hot och arrangerar farliga olyckor på skolan. Först råkade en flicka ut för en allergisk reaktion, sedan låstes en annan flicka in i en garderob. Gärningsmannen kallar…